司法鉴定与医疗鉴定的主要区别在于启动方式。医疗鉴定可以通过法院申请进行，依据《中华人民共和国民事诉讼法》，当事人可以就专门性问题向法院提出鉴定申请，由法院指定或双方协商确定鉴定人。对于涉及医疗事故争议的情况，及时开展医疗鉴定非常重要，影响赔偿和责任的最终判定。
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两种鉴定方式的适用情境不同。在涉及法律诉讼时，司法鉴定具有更强的法律效力，通常被用作法律证据；而医疗鉴定则更多地用于内部处理或调解，如医疗事故技术鉴定。

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